การชุมนุมขยายตัวจนในที่สุดเจ้าหน้าที่ตัดสินใจสลายการชุมนุม มีผู้ถูกยิงเสียชีวิต ณ ที่เกิดเหตุ 6 คน ในเวลาต่อมาเสียชีวิตเพิ่มอีกหนึ่งที่โรงพยาบาล ฝ่ายเจ้าหน้าที่บาดเจ็บ 14 คน มีการจับกุมผู้ชุมนุมจำนวนประมาณ 1,300 คน นำตัวขึ้นรถบันทุกขนย้ายไปยังค่ายอิงคยุทธบริหารในปัตตานี ในระหว่างการขนย้ายมีผู้เสียชีวิต 78 คน
ในจำนวนผู้ที่ถูกควบคุมตัวและรอดชีวิตในระหว่างการขนย้ายกว่าพันคนนั้น อัยการได้สั่งฟ้องประชาชนในกลุ่มนี้จำนวน 59 คน ด้วยข้อหาฉกรรจ์หลายประการเช่น ร่วมกันมั่วสุมตั้งแต่ 10 คนขึ้นไปใช้กำลังประทุษร้าย ขู่เข็ญว่าจะใช้กำลังประทุษร้ายให้เกิดความวุ่นวายขึ้นในบ้านเมืองโดยมีอาวุธ ร่วมกันข่มขืนใจเจ้าพนักงานให้ปฏิบัติการอันมิชอบด้วยหน้าที่หรือละเว้นการปฏิบัติการตามหน้าที่
คดีนี้รัฐบาลพล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ตัดสินใจถอนฟ้องด้วยเหตุผลว่าการยุติการดำเนินคดีจะช่วยส่งผลที่ดีต่อการแก้ปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่สามจังหวัดภาคใต้ และการดำเนินคดีต่อไปจะไม่เป็นประโยชน์ต่อสาธารณะ
ส่วนประชาชนที่เป็นญาติผู้เสียชีวิตได้รวมตัวกันฟ้องร้องหน่วยงานรัฐในคดีแพ่งเพื่อเรียกร้องค่าเสียหาย ต่อมาได้มีการไกล่เกลี่ยและจ่ายเงินเยียวยากันไป
ในส่วนของการเส้นทางคดีอาญากับผู้ที่ทำให้มีผู้เสียชีวิต เส้นทางนี้เริ่มจากการไต่สวนการตายเนื่องจากเป็นการเสียชีวิตในระหว่างถูกควบคุมตัว กระบวนการไต่สวนการตายเริ่มเมื่อ 1 เม.ย. 2550 ศาลมีคำสั่งเมื่อ 28 พ.ค. 2552 ใช้เวลาทั้งสิ้นเฉพาะกระบวนการไต่สวนการตายรวมแล้ว 4 ปี 7 เดือน
คำสั่งของศาลสรุปว่า ผู้ตายเสียชีวิต เพราะ
ขาดอากาศหายใจในระหว่างอยู่ในควบคุมของเจ้าพนักงานซึ่งปฏิบัติราชการตามหน้าที่”
ทนายความฝ่ายญาติผู้ได้รับความเสียหายคือปรีดา นาคผิว ระบุไว้ในบันทึกข้อสังเกตถึงกระบวนการไต่สวนการตายว่ามีปัญหาหลายขั้นตอนด้วยกัน ตั้งแต่เรื่องของการเรียกพยาน การสอบปากคำในชั้นศาล ในคดีนี้สรุปแล้วมีการสอบปากคำพยานฝ่ายอัยการ 70 ปากและพยานฝ่ายทนาย 6 ปาก
บันทึกของทนายความระบุว่า ในระหว่างการพิจารณา อัยการเบิกพยานที่ไม่มีความรู้เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์เป็นจำนวนมาก เฉพาะทหารที่ทำหน้าที่พลขับรถบรรทุกและคนที่นั่งข้างก็มีจำนวนไม่ต่ำกว่า 20 ปาก จนทนายต้องร้องขอต่อศาลให้พิจารณาตัดพยานที่ไม่เกี่ยวข้องลงเพื่อความกระชับของการพิจารณาคดีแต่ไม่ปรากฎว่าได้ผลแต่อย่างใด ในจำนวนพยานอัยการทั้งสิ้นมีผู้ที่ได้รับความเสียหายเพียง 1 ราย บันทึกของทนายความระบุว่า ในบรรดาพยานที่ถูกเรียกให้ข้อมูล หนึ่งในนั้นเป็นผู้ค้าขายที่ถูกทำร้ายและถูกยิงหมดสติ รู้สึกตัวในโรงพยาบาล จึงไม่เห็นเหตุการณ์ ส่วนอีกรายหนึ่งทำจดหมายอ้างว่าไม่สามารถไปให้การที่ศาลสงขลาได้เพราะไม่มีค่าใช้จ่ายในการเดินทาง ขอให้ศาลส่งเรื่องไปให้ปากคำที่ศาลนราธิวาสแทน
ยิ่งกว่านั้นทนายระบุว่า ในระหว่างที่ทนายความซักถาม พล.อ.พิศาล วัฒนวงศ์คีรี ซึ่งดำรงตำแหน่งแม่ทัพภาค 4 ในระหว่างที่มีการสลายการชุมนุม ผู้ติดตามนายทหารผู้นี้ได้เข้าไปขอให้ทนายยุติการซักถาม โดยที่ศาลก็ไม่ได้ห้ามปรามแต่อย่างใด
ผลของคำสั่งไต่สวนการตายดังกล่าวทำให้ไม่มีการดำเนินคดีอาญากับใครแต่อย่างใด เนื่องจากไม่ปรากฎหลักฐานว่าใครเป็นผู้ทำให้เสียชีวิตและพฤติการณ์การเสียชีวิตเป็นเช่นไร
ส่วนผู้เสียชีวิตที่ถูกยิงตายในระหว่างการสลายการชุมนุมที่หน้าสภ.ตากใบนั้น นสพ.คมชัดลึกรายงานไว้ว่า อัยการ ให้งดการสอบสวนเพราะเจ้าหน้าที่ไม่สามารถสืบทราบได้ว่าใครเป็นผู้ทำให้เสียชีวิตเนื่องจากเหตุการณ์ชุลมุน
ต่อมาเมื่อ 6 ก.ค. 2555 ญาติผู้เสียหายจำนวน 34 รายยื่นคำร้องต่อศาลขอให้เพิกถอนคำสั่งไต่สวนการตายนี้ เนื่องจากเห็นว่าคำสั่งดังกล่าวที่ออกโดยศาลสงขลาไม่ถูกต้อง ไม่เป็นธรรมตามรัฐธรรมนูญและไม่ได้กล่าวถึงพฤติการณ์ที่ทำให้เสียชีวิต ใครเป็นผู้ทำให้เสียชีวิต
เดือนส.ค. 2556 ศาลฎีกามีคำสั่งไม่รับคำร้องดังกล่าว ถือเป็นการยืนตามคำสั่งของศาลชั้นต้นและศาลอุทธรณ์ก่อนหน้านั้น
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติหรือกสม.มีแถลงการณ์ไว้เมื่อ 4 พ.ค. 2548 สรุปผลการลงพื้นที่ตรวจสอบข้อเท็จจริง โดยกล่าวในตอนหนึ่งว่า ประชาชนที่ไปรวมตัวกันหน้าสภ.ตากใบ ไปด้วยเหตุผลหลากหลาย มีส่วนที่ไปเพื่อร่วมประท้วง แต่มีผู้ที่เข้าใจว่ามีงานรื่นเริงหรือมีการแจกของ และบางส่วนไปประกอบอาชีพตามปกติแต่ต่อมาออกจากพื้นที่ไม่ได้เพราะมีการปิดทางออก กสม.ระบุว่า การสลายการชุมนุม การปฏิบัติต่อผู้ชุมนุมไม่เป็นไปตามหลักสิทธิเสรีภาพที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญรวมทั้งตามพันธะกรณีระหว่างประเทศ การสลายการชุมนุมใช้ความรุนแรง ขาดความระมัดระวัง ขาดความอดทนในการแก้ปัญหาด้วยสันติวิธีเช่นใช้อาวุธปืนและกระสุนจริง ทำร้ายร่างกายผู้ควบคุมขณะถูกมัดมือไพล่หลัง วิธีการขนย้ายไม่เป็นไปตามหลักการคุ้มครองสิทธิของผู้ต้องหา
https://prachatai.com/journal/2009/11/26495
